Sonderborg wird vom Flughafen Sonderberg bedient, der 6 km vom Zentrum entfernt ist. Der Flughafen bietet nur Inlandsflüge nach Kopenhagen an, saisonale Flüge nach Bornholm. Enterprise Rent-A-Car ist von Sonderborg an der Ringgade, einer Umgehungsstraße, die die Stadt umgibt, erreichbar. Es gibt regelmäßige Busverbindungen zwischen dem Flughafen und der Innenstadt.